A. 垫层低了5cm怎办
桩是预制管桩？是的话按下处理（按设计中桩顶锚入基础50mm）：一、桩顶低于垫层，需要增加下沉的小承台，使桩顶高出承台垫层，具体高出值为：存在标高差值+50mm，但这个要通过设计——向设计提出该问题，确定所增加小承台的平面尺寸、深度、做法，并技术核定单或让设计出设计变更单。二、预制管桩伸入底板锚固的钢筋规格不一定和预制管桩内部钢筋规格一致，如果图纸中未确定，要询问设计确定并技术核定单或设计变更单。生命愉悦！有用请采纳。
B. 独立基础垫层偏位应该怎么处理
基础垫层偏位一般均采用加宽处理（或基坑开挖到位）。
C. 基础垫层偏位怎么补救
垫层少了，那就把没有的部分挖出来，再倒上素混凝土就是了，没什么的。
如果想直接浇筑混凝，那么就将那部分的地基清理后，浇筑厚点混凝土，一般承台底板的钢筋保护层在4~5cm，那么那部分承台底板保护层保证在8~10cm就可以的。